1938年12月1日，經國民政府教育部批準建廠，定名國立藥學?？茖W校附設實驗廠，定址重慶磁器口鎮。校長孟目的兼任廠主任。
1938年，生產出第一個產品：硫酸鎂。
1940年5月，趕制5萬粒防疫人丹，避免瘟疫的爆發。生產藥用氯化鈉，為前方戰士提供消毒傷口和能源補給的必備藥品。
1941年8月23日，日軍飛機轟炸磁器口鎮，本廠遭炸，損失嚴重。
1946年7月，本廠隨校遷移至南京。金理文任廠主任。
1948年下半年恢復生產。
1949年10月，軍管會派軍事聯絡員王金城兼任國立藥專黨委支部書記，本廠仍為國立藥專附設實驗藥廠