1950年6月，國立藥專改名為華東藥學專科學校，本廠更名為華東藥科?？茖W校實驗藥廠，隸屬于華東軍政委員會衛生部。下半年，本廠招收臨時工20多人，擴大生產，產品有氯化銨、硫酸鈉、藥用氯化鈉、氫氧化鋁等，年總產值達20噸。
1952年9月，本廠隨校更名為華東藥學院實驗藥廠
1957年7月，本廠隨校更名為南京藥學院實驗藥廠
1959年，本廠在國內首創四氯乙烯膠丸和一氧化碳檢定管
1963起，實行獨立核算、自負盈虧，成為實行企業管理的校辦工廠。
1965年，承擔由衛生部下達的援助坦桑尼亞建設制藥車間的項目，制作安瓿洗滌機、甩水機等設備。
1977年，工業總產值超240萬元